PKBI Cabang Kota Yogyakarta mulai aktif sejak PKBI didirikan di Daerah Istimewa Yogyakarta. Letak Kota Yogyakarta sebagai ibukota menjadikan PKBI Kota sangat identik dengan PKBI DIY.
Sesuai dengan namanya, PKBI sangat kuat mengkampanyekan isu hak-hak perempuan dan Keluarga Berencana.Bahwa perempuan jangan hanya dijadikan sebagai objek pemenuhan reproduksi saja tetapi juga harus memperhatikan hak dan keselamatan perempuan. Salahsatunya adalah dengan mendorong perempuan bisa asertif dalam keluarga dan bisa berkompromi dalam menentukan jumlah anak. AKI dan AKB yang cukup tinggi di Indonesia pada waktu itu jelas menjadi tugas berat untuk PKBI,karena dengan AKI dan AKB yang tinggi jelas mencerminkan belum terpenuhinya hak-hak perempuan.
Dalam perkembangannya, isu yang diusung PKBI tidak hanya pada Keluarga Berencana menjaranggkan kelahiran saja, tetapi mulai pada hak-hak kespro perempuan baik PUS maupun remaja, juga perempuan termarginal.
Tahun 2006, bersama dengan PKBI Cabang lain, PKBI Kota mempunyai Direktur Pelaksana Cabang selain pengurus cabang PKBI yang sudah eksis.Program yang mulai dijalankan focus pada pendampingan komunitas di 5 Kelurahan; Pringgokusuman dan Sosromenduran di Kec Gedongtengen dan Kelurahan Giwangan, Mujamuju serta Warungboto di Kecamatan Umbulharjo, di 2014 menambah wilayah di kelurahan Brontokusuman di Kecamatan Mergangsan. PKBI mulai mengusung isu selain KB dan Kespro perempuan, adalah tentang reduksi stigma dan diskriminasi HIV&AIDS.
Tahun 2015 PKBI DIY memandirikan PKBI cabang dengan melimpahkan semua pengorganisasian ke cabang. Baik pengorganisasian remaja sekolah (PRS) , pengorganisasian komunitas yang di marginal (pengorganisasian komunitas remaja jalanan, pengorganisasian perempuan pekerja seks, dan pengorganisasian komunitas waria). Program yang dilakukan kaitanya dengan pemenuhan HKSR